Dengan berlakunya Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintah Daerah dan Udang-Undang Nomor 33 Tahun 2004 tentang Perimbangan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah, maka penyelenggaraan pemerintahan daerah dilakukan dengan memberi kewenangan yang seluas-luasnya, disertai dengan pemberian hak dan kewajiban menyelenggarakan otonomi daerah dalam kesatuan sistem penyelenggaraan pemerintahan negara. Pajak daerah dan retribusi daerah adalah salah satu sumber pendapatan daerah yang mempunyai peran penting, yaitu guna membiayai jalannya sistem pemerintahan daerah.
Di masa otonomi daerah sekarang ini, setiap daerah diberi kewenangan yang lebih besar untuk mengatur dan mengurus urusan rumah tangganya sendiri. Kewenangan yang lebih besar ini diberikan dengan tujuan agar pelayanan pemerintah dapat semakin mendekatkan diri dengan masyarakat, memberi kemudahan pada masyarakat dalam mengawasi dan mengontrol penggunaan dana yang bersumber dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD), untuk menumbuhkan persaingan yang sehat antar daerah dan mendorong munculnya inovasi. Sejalan dengan diberikannya kewenangan tersebut, Pemerintah Daerah diharapkan lebih bisa menggali sumber-sumber keuangan khususnya untuk pemenuhan kebutuhan pembiayaan pemerintahan dan pembangunan di daerahnya lewat Pendapatan Asli Derah (PAD). Kreatifitas pemerintah daerah harus lebih dikembangkan supaya akuntabilitas dan keleluasaan pembelanjaan APBD dapat dititingkatkan. Sumber-sumber penerimaan daerah yang memiliki potensi harus dimaksimalkan, akan tetapi tetap harus sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Termasuk diantaranya adalah pajak daerah dan retribusi daerah yang telah menjadi unsur utama PAD sejak lama.
Agar tidak berbenturan dengan pungutan pusat (pajak maupun bea dan cukai) maka kebijakan mengenai pajak daerah didasarkan pada Perda, karena apabila terjadi duplikasi nantinya akan menyebabkan kegiatan perekonomian terganggu. Sebagaimana dalam UU No. 18 Tahun 1997 tentang Pajak Daerah dan Restribusi Daerah sebagaimana diubah dengan UU No. 34 Tahun 2000, dimana dinyatakan dalam Pasal 2 ayat (4) yang antara lain menyatakan bahwa objek pajak daerah bukan merupakan objek pajak pusat. Maka dari itu, selain mempertimbangkan ketepatan suatu pajak, pajak daerah juga harus mempertimbangkan kriteria perpajakan yang berlaku secara umum. Pajak daerah dapat dikatakan sebagai pajak yang baik apabila pajak tersebut mendukung pemberian kewenangan kepada daerah dalam rangka pembiayaan desentralisasi. UU No.34 Tahun 2000 dan PP pendukungnya, yaitu PP No.65 Tahun 2001 tentang Pajak Daerah dan PP No.66 Tahun 2001 tentang Retribusi Daerah menjelaskan perbedaan antara jenis pajak daerah yang dipungut oleh Provinsi dan jenis pajak yang dipungut oleh Kabupaten/Kota. Ada 4 (empat) jenis pajak yang ditetapkan oleh Pemerintah Provinsi, diantaranya : Pajak Kendaraan Bermotor dan Kendaraan di Atas Air (PKB & KAA), Bea Balik Nama Kendaraan Bermotor dan Kendaraan di Atas Air (BBNKB & KAA), Pajak Bahan Bakar Kendaraan Bermotor (PBBKB), Pajak Pengambilan dan Pemanfaatan Air Bawah Tanah dan Air Permukaan (P3ABT & AP). Provinsi tidak dapat memungut pajak lain selain yang sudah ditetapkan dan hanya diperbolehkan untuk menambah jenis retribusi lainnya yang sesuai dengan ditetapkan di dalam UU, hal ini karena pajak provinsi bersifat limitatif. Sementara itu, untuk pajak Kabupaten/Kota tidak bersifat limitatif. Kabupaten/Kota diberikan kesempatan untuk menggali lebih dalam lagi potensi sumber-sumber keuangannya selain dari yang sudah ditetapkan dalam UU No. 34 Tahun 2000, dengan menentukan dan menetapkan sendiri jenis pajak yang sifatnya spesifik dengan tetap memperhatikan kriteria yang sudah ditetapkan dalam UU tersebut. Tujuh jenis pajak yang dipungut oleh pemerintah Kabupaten/Kota, antara lain adalah Pajak Hotel, Pajak Restoran, Pajak Hiburan, Pajak Reklame, Pajak Penerangan Jalan, Pajak Pengambilan Bahan Galian Golongan C, Pajak Parkir.
Pajak daerah dan retribusi daerah adalah salah satu dari bentuk peran serta masyarakat dalam penyelenggaraan otonomi daerah. Alasan pajak daerah dan retribusi daerah dijadikan sumber utama pendapatan daerah adalah karena pajak dan retribusi daerah penting untuk pembiayaan penyelenggaraan pemerintahan dan pembangunan daerah. Pada umumnya, masalah yang sering muncul dalam pelaksanaan pajak dan retribusi daerah adalah terkait dengan belum maksimalnya kontribusi yang diberikan oleh sumber-sumber pajak daerah dan retribusi daerah terhadap penerimaan daerah secara keseluruhan. Pungutan pajak dan retribusi daerah masih belum dapat diandalkan oleh daerah sebagai sumber pendanaan desentralisasi. Hal ini karena masih terdapat banyak permasalahan yang terjadi di daerah berkaitan dengan penggalian dan peningkatan PAD. Hal tersebut disebabkan karena relatif rendahnya basis pajak dan retribusi daerah, dalam total penerimaan daerah peranannya terlalu kecil, masih rendahnya kemampuan administrasi pemungutan di daerah, dan lemahnya kemampuan perencanaan dan pengawasan keuangan.Â
Peranan PAD sangat kecil dan bervariasi dalam pembiayaan kebutuhan dan pengeluaran daerah. Kemudian variasi ini semakin diperparah karena adanya sistem bagi hasil yang pembagiannya berdasarkan pada daerah penghasil sehingga yang mendapatkan keuntungan hanya daerah tertentu saja. Begitu juga dengan distribusi pajak yang sangat timpang antar daerah karena basis pajaknya yang bervariasi. Rendah dan bervariasinya peranan pajak dan retribusi daerah dalam pembiayaan terjadi juga karena beberapa hal, seperti keadaan geografis setiap daerah yang berbeda sehingga hal ini akan memberikan dampak pada biaya yang relatif lebih mahal, serta bervariasinya biaya penyediaan pelayanan yang berbeda kepada masyarakat karena kemampuan ekonomi masyarakat yang berbeda-beda. Karena sistem tax assignment di Indonesia yang kewenangannya masih dipegang penuh oleh pemerintah pusat untuk pengumpulan dan penggalian pajak-pajak yang potensial, seperti pajak penghasilan, pajak pertambahan nilai dan bea masuk, hal mini menyebabkan peran PAD dalam anggaran daerah menjadi tidak signifikan. Ketimpangan dalam penguasaan sumber-sumber pajak tersebut menunjukkan bahwa perimbangan keseimbangan keuangan antara Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah di Indonesia dari sisi revenue assignment masih terlalu sentralistis.
