Kata “Pesantren” berasal dari kata santri yang diberi imbuhan awalan “pe-“ dan akhiran “-an”. Kata “Santri” berasal dari Bahasa Jawa yang artinya adalah “Murid”. Bahasa Jawa banyak dipengaruhi oleh bahasa Sanskerta dari India. Steenbrink (1994:) mengatakan bahwa kata “Pesantren” lebih dekat dengan budaya India daripada Arab. Pendapat lain mengatakan, Kata “Santri” sepadan dengan kata “Cantrik” (bahasa Sansekerta, atau mungkin jawa) yang dalam tradisi agama Hindu berarti siswa yang belajar di suatu padepokan (Asrama)[1].
C.C.Berg berpendapat bahwa kata “Santri” berasal dari kata “Shastri”, yang dalam bahasa India berarti orang yang tahu buku-buku suci agama Hindu atau seorang sarjana ahli kitab suci agama Hindu[2]. Dhofier mengatakan bahwa kata “Santri” berasal dari Tamil (suatu wilayah di India dan mayoritas beragama Islam) yang berarti “Guru Ngaji” (Dhofier, 1994:18). Kata lain yang sering dilekatkan dengan kata “Pesantren‟ adalah kata “Pondok” berasal dari Bahasa Arab yaitu Fundūq/Fandūq (فندوق).
Label “Pesantren” sebagai Arab atau India semata, menafikan peran Indonesia (Nusantara) sebagai tanah tempat tumbuhnya pesantren. Dhofier mengatakan bahwa asal-usul pesantren memiliki hubungan yang sangat erat dengan sejarah masuknya Islam ke Nusantara. Islam mulai dikenal di Nusantara sejak abad ke 7 M atas jasa para musafir dan pedagang muslim Gujarat. Sejak abad 11 M, Islam mulai masuk ke kota-kota di daerah pesisir laut (Pantai) Nusantara, dan secara intensif menyebar pada abad ke-13 hingga akhir abad ke-17.
Pada masa itu, berdiri pusat-pusat kekuasaan Islam, seperti di Aceh, Demak, Giri, Ternate dan Gowa. Dari sini Islam tersebar ke seluruh pelosok Nusantara melalui berbagai mediator seperti, pedagang, wali, ulama, mubalig dengan mendirikan pesantren (Jawa), Dayah (Aceh) dan Surau (Melayu). Sejak itu pula, pesantren telah menjadi bagian dari khazanah sosial dan budaya Indonesia. Berkenaan dengan persinggungan antara pesantren dengan Budaya Barat (Belanda), menurut Geertz telah membentuk kemandirian, menebalkan rasa cinta terhadap tanah air (Hubbu Al Wathan) dan menanamkan sikap patriotik.
Walaupun pada awalnya hanya merupakan lembaga pendidikan spiritual keagamaan, namun ia kemudian mengutamakan pula pembinaan mental sosial dan budaya para santrinya. Sehingga eksistensi sosial budaya pada pesantren tersebut semakin nyata, saat hal tersebut mengembangkan diri ke dalam berbagai organisasi keagamaan dan kemasyarakatan, seperti Nahdatul Ulama, Muhammadiyah dan Persatuan Islam.
Penyematan nama “Pesantren” sebagai institusi pendidikan berbasis keagamaan dianggap sebagai sistem pendidikan asli Indonesia (Amin Haedari, 2007:34). Pesantren merupakan model sistem pendidikan pertama dan tertua di Indonesia. Pendidikan pesantren telah memberikan wajah baru dalam sistem pendidikan Indonesia, khususnya pendidikan ber-asrama (Red-“Mondok”). Pesantren telah berkiprah dalam mencerdaskan kehidupan bangsa Indonesia. Dari lulusan pesantren pula lah, juga terlahir tokoh-tokoh perjuangan (banyak yang menjadi syuhada ‘pahlawan’) dan tokoh pembangunan bangsa.
Ada tiga elemen dasar yang membentuk pondok pesantren sebagai subkultur. Pertama, pola kepemimpinan pondok pesantren yang mandiri tidak terkooptasi oleh negara; Kedua, penggunaan kitab-kitab rujukan umum yang selalu digunakan berabad-abad lamanya (Kitab-kitab klasik/red-Kitab Kuning); dan yang Ketiga, sistem nilai (value system) yang digunakan adalah bagian dari masyarakat luas (Abdurrahman Wahid, 1988).
Berdasarkan elemen yang tersebut, dapat dinyatakan Pondok Pesantren memiliki hubungan yang sangat erat dengan kehidupan masyarakat Indonesia. Pesantren menjadi salah satu penopang pilar utama pendidikan di bumi nusantara. Sejarah mencatat bahwa pondok pesantren sampai saat ini telah berdiri, tumbuh, dan berkembang semakin pesat. Hal tersebut menunjukkan bahwa jutaan orang orang Indonesia telah ikut merasakan pola pembelajaran di pondok pesantren (Nasaruddin Umar, 2014:7).
A’la juga menyatakan bahwa “salah satu karakteristik utama pesantren adalah keakrabannya dengan masyarakat”. Yakni, ada keterpaduan antara aspek teoretis dengan praktis. Materi yang diajarkan di pesantren bukan hanya mengenai tauhid, hukum dan fiqih saja, melainkan juga aspek akhlak (Moral) yang perkembangan dan pengertiannya menembus nilai-nilai dasar kehidupan manusia, sebagai makhluk sosial dan berbudaya (2006: 17-18).
Maka tak berlebihan apabila dikatakan bahwa pesantren mendapat pengaruh sekaligus dipengaruhi oleh lingkungan sosial dan budaya masyarakat Indonesia. Di Jawa dan Madura misalnya, pesantren menduduki posisi strategis dalam berbagai lapisan masyarakat (Sukamto, 1999: 12). Dunia pesantren di setiap lintasan sejarahnya, menjadi rujukan masyarakat dalam berbagai dimensi kehidupan. Hal-hal yang dikembangkan oleh dunia pesantren kemudian menjadi panutan bagi masyarakat. Kenyataan ini menunjukkan bahwa pesantren memiliki peran kuat dalam pembentukan karakter santri baik sebagai individu maupun masyarakat (Ghazali, 2003: 13).
Keistimewaan dan keunikan pesantren secara tidak langsung menarik para peneliti dan sarjana untuk melakukan riset atau penelitian tentang pesantren diantaranya, Dhofier (1982) dan Mastuhu (1994) yang memberikan gambaran pesantren dengan konteks tahun 1980 sampai 1990 berperan sebagai pendukung pertumbuhan dan perkembangan pendidikan Indonesia.
