Sebagai mahasiswa di UIN Walisongo yang memiliki aktivitas jadwal kuliah yang padat membuat mahasiswa cenderung lebih memilih untuk tinggal di kos atau kontrakan sehingga bebas untuk melakukan aktivitas apa saja selepas kuliah. Namun, menjadi mahasiswa sekaligus santri adalah pilihan bagi mahasiswa yang ingin mengembangkan kehidupan dunia dan akhiratnya.Â
Banyak orang berfikir bahwa kuliah sambil nyantri akan membuat mahasiswa pasif. Tidak sedikit yang beranggapan jika sudah menjadi santri maka akan sedikit kegiatan kampus yang diikuti. Padahal, kenyataannya tidak. Bahkan, banyak sekali manfaat dan kelebihan yang didapat ketika kuliah sambil mondok.
Hal ini karena pendidikan di pondok pesantren (ponpes) tidak hanya mengajarkan ilmu agama saja, tetapi juga pendalaman ilmu kehidupan bersosial serta pengembangan ide dan kemampuan (skill) dalam diri santri yang  tidak bisa didapatkan di bangku perkuliahan. Selain itu, program ma'had adalah program di mana mahasiswa baru UIN Walisongo diwajibkan untuk tinggal di asrama atau pondok yang disediakan kampus dan mitranya.
Tujuan dari kerjasama Ma'had UIN Walisongo dengan pondok pesantren adalah mengembangkan aktivitas kelembagaan dan mutu kegiatan Tridarma Perguruan Tinggi dalam pengabdiannya dan peningkatan kualitas civitas akademika di UIN Walisongo. Selain itu sinergi peran dan fungsi para pihak dan saling menguntungkan bagi peningkatan keagamaan, pendidikan , penelitian dan pemberdayaan civitas akademika. Kerjasama dijalin untuk meningkatkan akses dan kesempatan belajar keagamaan lebih intensif bagi mahasiswa baru.
Berikut Beberapa Pondok pesantren mitra UIN Walisongo sebanyak 25 Pondok yaituÂ
1. PP.Darul Fallah Be-songo
2. PP. Life skill Darunnajah
3. YPMI Al Firdaus
4. Al Firdausiy-Tapak Tugu
5. PP Al Amaliyah
