Ada sebuah pulau yang belum pernah dijamak oleh manusia. Namun telah terdeteksi oleh satelit luar angkasa keberadaan pulau misterius tersebut. Menurut cerita yang berkembang di masyarakat. Sering terjadi kapal atau pesawat yang hilang di suatu daerah di lautan. Namun orang-orang tidak tahu kemana hilangnya pesawat tersebut. Dan hingga kini belum ditemukan keberadaanya orang atau pun bangkai pesawatnya. Daerah itu dikenal luas oleh masyarakat dengan istilah daerah segi tiga bermuda.
Ada sebuah misi untuk bisa menemukan keberadaan pulau tersembunyi tersebut. Seorang ilmuwan lalu menghubungi Kapten Amerika yang sedang bertugas perang di Vietnam. Ilmuwan itu menginginkan untuk bisa menemukan pulau misterius tersebut dengan bantuan kendaraan pesawat tempur Amerika. Kapten itu pun bersedia untuk diajak pergi oleh ilmuwan tersebut untuk menemukan pulau misterius tersebut. Nama pulau itu adalah “Skull Island” atau sebutan dalam bahasa Indonesia adalah pulau tengkorak.
Rombongan pesawat tempur Amerika pun terbang menuju pulau tengkorak. Pulau tersebut tidak terlihat karena dikelilingi oleh awan-awan gelap yang menyelimutinya. Kilatan petir dan suara gemuruh terdengar didalamnya. Ketika pesawat tempur Amerika menembus awan-awan gelap, pesawat mendadak tidak bisa dikendalikan. Pesawat berputar-putar tak terkendali mengikuti arus awan. Namun, akhirnya semua kru pesawat terbang bisa menembus awan-awan gelap yang melindungi pulau tengkorak.
Setelah berhasil memasuki pulau tengkorak, mereka lalu meneliti tanah yang ada dipulau tengkorak dengan cara memasang bahan peledak. Bom peledak pun diletuskan dengan bunyi yang begitu keras dan nyala api yang membara. Tak ada yang menyangka bahwa didepan mereka terlihat makhluk raksasa yang mengamuk karena daerahnya di rusak. Bentuk makhluk itu menyerupai kera, lebih tepatnya adalah kingkong raksasa.
Karena kingkong tersebut tidak menerima daerahnya dirusak dengan bahan peledak oleh manusia. Maka Kingkong itu pun melenyapkan peswat tempur Amerika yang berada didepannya dengan pukulan tangannya. Ada beberapa peswat tempur yang masih tersisa dan orangnya bisa menyelamatkan diri dari amukan kingkong raksasa.
Pesawat-pesawat tempur tentara Amerika pun menembaki kingkong itu tiada henti. Namun hal itu tak berarti karena dengan badan yang kekar dan kulit yang tebal bisa terlindungi dengan baik. Ada fotografer wanita dalam film tersebut yang selalu mengabadikan moment-moment penting yang terjadi.
Rombongan itu kemudian terpisah menjadi dua kelompok. Yakni kelompok fotografer/ilmuwan dan kelompok kapten tentara Amerika. Ketika kelompok fotografer memasuki kawasan hutan tak terduga terperangkap oleh jebakan suku yang ada di pulau tengkorak. Suku yang mendiami pulau tersebut memiliki karakter pendiam, memakai pakaian adat, dan di sekujur tubuhnya di cat dengan simbol-simbol tertentu.
Untungnya ketika kelompok fotografer tertangkap ada seseorang tentara veteran dalam gerombolan suku tersebut. Dan veteran tersebut bisa berkomunikasi dengan fotografer wanita. Akhirnya kelompok fotografer wanita tersebut dibebaskan oleh suku pulau tengkorak. Veteran itu pun bercerita bahwa dirinya terjebak dipulau ini ketika ada tugas perang. Beliau tidak bisa pulang karena kendaraan/pesawat yang ditumpangi mengalami kerusakan. Sehingga selama bertahun-tahun hidup di sini dengan suku di pulau tengkorak.
Suku pulau tengkorak memiliki tempat yang dikeramatkan. Tempat itu terbuat dari sisa/bangkai pesawat terbang. Suku di pulau tengkorak sudah mengenal tulisan dan gambar. Dalam ruangan tersebut ada beberapa gambar berseri yang telah dibuat sejak bertahun-tahun yang lalu. Bentuknya menyerupai prasasti, dalam prasasti tersebut diceritakan bahwa kingkong di pulau tengkorak adalah dewa penyelamat bagi kehidupan mereka. Ada hewan reptil raksasa seperti kadal yang mempunyai dua kaki pemangsa manusia. Ada kadal-kadal yang lebih kecil ukurannya yang tidak begitu berbahaya meskipun juga pemangsa. Namun ada satu kadal raksasa yang begitu ganas dalam menangkap mangsanya. Kadal raksasa itu akan muncul bila kingkong dalam keadaan lemah atau terjepit. Itulah pesan yang terkandung dalam prasasti di ruangan rahasia suku pulau tengkorak.
Di pulau ini ada daerah yang begitu menyeramkan. Daerah yang tanahnya mengandung gas. Disitu tertimbun kerangka-kerangka sisa makanan kadal pemangsa. Rombongan fotografer melewati daerah ini, tak disangka salah satu temannya menyalakan api rokok setelah habis menghisap sebatang rokok lalu dibuanglah. Dan akhirnya menimbulkan kobaran api yang besar. Daerah ini adalah milik kadal pemangsa. Tiba-tiba muncul kadal itu dan mencari mangsa disekitarnya. Rombongan fotografer pun langsung bersembunyi di baik bebatuan dan sisa kerangka. Mereka ketakutan bila harus menampakkan diri pada kadal pemangsa. Pertarungan dengan kadal pemangsa pun tak terhindarkan. Kareana mereka berusaha untuk bisa melindungi diri dari sergapan kadal pemangsa. Akhirnya kadal itu kalah ketika fotografer wanita menyalakan korek api dan dilemparkan ke kadal pemangsa. Kadal pemangsa itu pun mati terbakar.
Dipihak lain, kapten Amerika tidak menerima kenyataan kalau anak buahnya banyak yang gugur di serang oleh kingkong. Akhirnya sang kapten punya siasat untuk membunuh kingkong. Caranya mereka memasang perangkap untuk kingkong dilautan. Lautan tersebut sudah diberi suatu cairan yang mudah terbakar. Kapten amerika membuat gaduh dengan menyalakan meriam, akhirnya kingkong pun datang dengan kemarahannya. Ketika kingkong datang dinyalakanlah api di laut tersebut. Api itu merambat kedepan dan mengenai tubuh kingkong dan membakarnya. Kingkong pun terjatuh dan mengalami kelemahan fisik. Di sekitar kingkong terjatuh sudah dipasang bom yang sudah siap untuk diledakkan oleh kapten Amerika.